Уже много десятилетий биологи, химики и даже математики работают над проблемой зарождения жизни. И хотя уже существуют научно обоснованные и подкрепленные гипотезы химической эволюции до появления первой клетки, работы в этом направлении продолжаются. «Лента.ру» рассказывает о новом исследовании, посвященном проблеме РНК-мира, результаты которого опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Ученые из Портлендского государственного университета, проводя эксперименты над рибозимами, выяснили, что способность этих молекул катализировать собственную сборку зависит от их взаимодействия с другими подобными молекулами. Исследование косвенно подкрепляет гипотезу РНК-мира, которая гласит, что первой органической молекулой, ставшей основой для первых клеток, была РНК. Эти молекулы РНК были способны самосинтезироваться, конкурировать друг с другом и участвовать в пребиотической эволюции, когда наиболее успешные соединения становились базой для более сложных химических комплексов.
Многим известно, что в живых клетках имеются свои специальные катализаторы: ферменты, представляющие собой сложно свернутые белковые молекулы, осуществляющие жизненно важные реакции. Однако ферментами могут быть не только белки, но и цепочки РНК. Напомним, РНК — это нуклеиновая кислота, очень похожая на ДНК, но отличается от нее тем, что в ее состав входит сахар рибоза (а не дезоксирибоза), а одно из азотистых оснований — тимин — заменен на урацил. По мнению ученых, РНК появилась раньше ДНК, поскольку она гораздо стабильнее и может осуществлять каталитические реакции без помощи белков. Молекулы РНК, являющиеся ферментами, называются рибозимами. Как правило, рибозимы катализируют расщепление самих себя или других молекул РНК.
Одним из самых хорошо изученных рибозимов является Azo — фермент, который изготавливается учеными из самовырезающихся интронов группы I, содержащихся в ДНК бактерии Azoarcus. Интроны — это участки генов, которые не содержат информации о последовательности белка или нуклеиновой кислоты, и вырезаются во время созревания информационной РНК (иРНК). Все интроны группы I катализируют свое собственное вырезание из последовательности РНК. Интересующий ученых интрон-рибозим Azo находится в гене, который кодирует транспортную РНК (тРНК), несущую аминокислоту изолейцин. Внутри клетки Azo, как и другие рибозимы, осуществляет свое собственное вырезание из тРНК, однако в лабораторных условиях он смог научиться осуществлять обратный сплайсинг: рибозим разрезает в определенном месте субстрат — короткую молекулу РНК с определенной последовательностью нуклеотидов, кусочки которого остаются прикрепленными к Azo.
Azo состоит примерно из 200 нуклеотидов и может распадаться на два, три или четыре фрагмента, которые спонтанно собираются вместе при температуре 42 градуса Цельсия в присутствии раствора MgCl2. Процесс самосборки начинается со взаимодействия между двумя тройками нуклеотидов (триплетами), принадлежащими разным фрагментам РНК. Когда между триплетами образуются водородные связи по принципу комплементарности, части рибозима меняют свою пространственную структуру и воссоединяются друг с другом. Ученые сфокусировались на реакции самосборки двух фрагментов, которые условно назвали WXY и Z, где W, X, Y и Z представляют собой отдельный участки рибозима длиной примерно в 50 нуклеотидов (Рис.1). На участке W, на переднем конце молекулы РНК, располагается один из триплетов, который участвует в инициации самосборки и называется «внутренней гидирующей последовательностью» (internal guide sequence — IGS). На конце WXY находится триплет tag, который, взаимодействуя с IGS, образует прочную ковалентную связь с фрагментом Z.
Исследователи создали различные варианты (генотипы) фрагментов WXY, меняя нуклеотиды, находящиеся в серединке триплетов IGS и tag (нуклеотиды M и N соответственно). Так как молекулы РНК обычно образованы всего четырьмя типами нуклеотидов, таких вариантов оказалось 16. Например, одним из генотипов может быть 5'-GGG-WXY-CAU-3', а другим 5'-GСG-WXY-CUU-3'. Все эти варианты молекул могут конкурировать друг с другом, формируя различные метаболические сети, в которых общий ресурс — молекула Z — требуется для восстановления целого рибозима.
В своих экспериментах ученые сначала проверили способность каждого генотипа к самосборке в отдельности. Когда M и N формируют пары Уотсона-Крика (то есть по принципу комплементарности, А — U, C — G), скорость самосборки рибозима становится выше, чем для других типов пар. Затем исследователи смоделировали условия теплого «маленького пруда», в котором различные пребиотические молекулы, взаимодействуя между собой, приобретают выгоды друг от друга и ускоряют процессы самоорганизации. Биохимики проследили за поведением генотипов в паре друг с другом, всего ученые изучили 120 пар, состоящих из двух непохожих вариантов WXY. Они измерили скорость каждой реакции, проходившей между молекулами двух генотипов WXY и фрагментами Z внутри отдельных пробирок в течение 30 минут.
Совместив результаты обоих этапов эксперимента и получив скорости самосборки при взаимодействии двух различных генотипов, исследователи поставили эволюционный эксперимент. Пары генотипов были смешаны в одинаковой пропорции, снабжены Z-фрагментами и реагировали друг с другом в течение пяти минут. В течение этого времени ученые отбирали 10 процентов раствора в новую пробирку, в которой присутствовало большее количество непрореагировавших WXY каждого генотипа и Z-фрагменты. Ученые отслеживали соотношения каждого WXYZ-генотипа в течение восьми таких переносов. Это позволило оценить химический эквивалент эволюционной успешности рибозимов в течение поколений, которая наблюдалась как «взрыв» — то есть сильное увеличение скорости самосборки РНК. В эволюционном эксперименте биологи изучали взаимодействие семи пар рибозимов.
На основе всех лабораторных экспериментов ученые вывели математическую модель дифференциальных уравнений, учитывающих скорость самосборки генотипов в присутствие других генотипов или без них. Эта модель стала основой для новой эволюционной теории игр, где определяются несколько поведений молекул РНК. В одном случае, называемом «Доминирование», один из генотипов всегда встречается чаще, чем другой, при том что его скорость самосборки всегда превышает скорость конкурента. В другом случае — «Кооперация» — оба генотипа, что взаимодействуют друг с другом, получают от «сотрудничества» выгоду, и скорость их самосборки превышает ту, что была бы у них в отдельности друг от друга. «Эгоистичный сценарий» — прямая противоположность «Кооперации» — означает, что каждый рибозим в отдельности получает больше, чем при взаимодействии с кем-то еще. И, наконец, в «Контрдоминировании» генотип с низкой скоростью самосборки неожиданно начинает встречаться чаще, чем его конкурент.
Это исследование не направлено на прямое доказательство гипотезы РНК-мира, однако оно представляет собой еще один элемент в мозаике научных представлений о пребиотической эволюции. Впервые показано, что энзиматические свойства отдельных молекул могут улучшаться в присутствии других молекул, которые отличаются всего лишь одним-двумя нуклеотидами. В гигантском растворе, которым были земные океаны на заре существования жизни, эти молекулы конкурировали друг с другом за субстраты, сотрудничали и усиливали свое действие. На основе этого уже можно предполагать, почему сложные органические соединения стремились объединяться в системы, представляющие собой прообразы первых клеток.
Александр Еникеев
Комментирование разрешено только первые 24 часа.
0 +0−0 | Илья Ковров | 20:12:13 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Ваш мозг явно демонстрирует великолепную пластичность, уходя от конкретно предложенной темы беседы, в более удобное для вас русло. Повторюсь: вернитесь на выше мною предложенный пример и объясните мне, как именно и в каких условиях мозг человека способен продемонстрировать подобное. Укажите тех авторов на которых вы опираетесь, чтобы не быть голословным. |
0 +0−0 | Руслан Сверчков | 19:49:13 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
видимо действительно не ту, загуглите кошмар Дженкина и перейдите по первой ссылке, там будет правильная википедия с опровержениями |
0 +0−0 | Simeon E | 19:43:03 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Опровержение кошмара Дженкина? Может, я не ту википедию смотрел. С позиций дарвинизма Дженкин неопровержим. |
0 +1−1 | Nickolay Voldorin | 19:35:32 19/04/2016 |
Первый нах? Что?! Вы серьезно?! Что за бредовая идея назвать так статью в данном новостном ресурсе?! Это пишут школьники в комментах и гопота может говорить в подъезде, но не редакторы в такой СМИ! Я бы уволил этого человека. Нужно понимать рамки культуры и быдло-слэнга. |
0 +0−0 | Руслан Сверчков | 19:00:48 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
А вы загляните в вики, там написано несколько опровержений со ссылками. Не понимаю почему я за вас должен гуглить информацию. п.с. профессионалы не мои. вы будете продолжать спорить с фактами которые гуглятся за 5 секунд или может хватит уже?) |
0 +0−0 | Simeon E | 18:59:44 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
А почему верующие должны страдать? Назовите причину. |
0 +0−0 | Simeon E | 18:58:42 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Поппер удивлённо чешет затылок. Он здесь ни при чём. |
0 +0−0 | Simeon E | 18:57:41 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Не дождётесь. ? Верущие, собственно, даже не поняли, какое отношение содержание статьи имеет к существованию Бога. ?? |
0 +0−0 | Simeon E | 18:52:13 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Неужели эти ваши профессионалы не слыхали про кошмар Дженкина? Или они его разрешать научились? |
0 +0−0 | WHIPPET | 18:09:04 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Из статьи можно понять,что процесс случайный. на примитивную жизнь это никак не похоже. Всё исключительно хаотично |
0 +0−0 | qwerty qwerty | 18:06:16 19/04/2016 |
Комментарий удалён. | ||
Да пох ! |
0 +0−0 | Tatiana Zhilyaeva | 17:42:16 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Если вы про Черниговскую Татьяну Владимировну, то она никогда не говорила, что НИКТО не знает, как работает мозг. Да, никто не знает на 100%, но это не означает, что многие процессы изучены, понятны и воспроизводимы. |
0 +0−0 | Tatiana Zhilyaeva | 17:27:36 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
вы серьезно? А что по-вашему делают тысячи нейробиологов по всему миру? |
0 +0−0 | Tatiana Zhilyaeva | 17:18:48 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Отрицание бога никаким образом к сатанизму привести не может, ибо сатанизм это поклонение Сатане, павшему ангелу Господа Бога, нельзя поклоняться ангелу того существа в которое ты не веришь. |
0 +0−0 | Pavel Popov | 17:11:11 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Таких, как ты веселить - бисеру не напасешься ;), мне достаточно того, что я есть и осознаю это |
0 +0−0 | Юрий Щербаков | 16:52:25 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Так в чем проблема ? Искин на компе - это ли не коренное отличие ? ---------------- Что касается мемов и глинозёма - то это лажа полная. -------------- Верующие подсознательно начинают подражать Библии. А там - хрень... ---------------------------- Насчет РНК - мира - ну где-то так. Только "жить" они могут только среди белков. Т.е. был ещё и белковый мир, среди которого "путешествовали", выживая, РНК.. |
0 +0−0 | sai mun | 16:48:53 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
сочувствую |
0 +0−0 | sai mun | 16:48:16 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
ну ты же раб и тебя надо ограничивать и бить палкой по рукам чтобы ты понял слова "не убей". Бог выбор свободных а не жестокий надсмотрщик над рабами |
0 +0−0 | sai mun | 16:43:14 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
как там в школе дела? |
0 +0−0 | sai mun | 16:40:40 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
при чем здесь страх? выбор привилегия свободы, страх рабов. В том то и фокус что нам дается выбор и никого палкой по рукам не бьют что бы мы не выбрали |