Нет. Если сотрудник не допускается к работе по мед. показаниям, ему это время не оплачивается. Он сидит за свой счет.
"Перечень медицинских противопоказаний к управлению транспортным средством" - содержится в постановлении Правительства РФ от 29 декабря 2014 г. N 1604. Нет в нем про прививки ничего.