Единственная уязвимость тора это если скомпрометирована нода. Других нет. Получается если чекисты хотят знать происходит им нужно держать свой сервер и таким образом поддерживать анонимную сеть.
Нет, это не единственный способ. Но самый, наверное, простой. Подозреваю, что уже некоторые узлы стоят «где надо».