Еще есть такая штука как РФФИ. Российские гранты на фундаментальные исследования. Но все что не прокручивается через сколково - неэффективно и должно быть безжалостно дореформировано.
РФФИ в ту же топку, что и РАН. Там сидят те же аккадемики, которые решают кому дать денег а кому нет. Про гемморой, связанный с тратой этих денег можете прочесть самостоятельно.