По данным ЕГРЮЛ, Агентство интернет-исследований создано 26 июля 2013 года. Но согласно отчётам Центра по изучению компьютерной пропаганды при Оксфордском университете, первые эксперименты с агитацией в социальных сетях провластные структуры проводили ещё во время региональных выборов 2009 года. Широкой общественности агентство стало известно в сентябре 2013 года после расследования «Новой газеты» под названием «Где живут тролли. И кто их кормит», где впервые был использован термин «фабрика троллей». Позже это поименование широко распространилось в СМИ и закрепилось за «Агентством интернет-исследований». Учредителем организации числился Михаил Куркин, гендиректором — Николай Чумаков, офисы были открыты в Москве и Санкт-Петербурге. | 
