Уже много десятилетий биологи, химики и даже математики работают над проблемой зарождения жизни. И хотя уже существуют научно обоснованные и подкрепленные гипотезы химической эволюции до появления первой клетки, работы в этом направлении продолжаются. «Лента.ру» рассказывает о новом исследовании, посвященном проблеме РНК-мира, результаты которого опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Ученые из Портлендского государственного университета, проводя эксперименты над рибозимами, выяснили, что способность этих молекул катализировать собственную сборку зависит от их взаимодействия с другими подобными молекулами. Исследование косвенно подкрепляет гипотезу РНК-мира, которая гласит, что первой органической молекулой, ставшей основой для первых клеток, была РНК. Эти молекулы РНК были способны самосинтезироваться, конкурировать друг с другом и участвовать в пребиотической эволюции, когда наиболее успешные соединения становились базой для более сложных химических комплексов.
Многим известно, что в живых клетках имеются свои специальные катализаторы: ферменты, представляющие собой сложно свернутые белковые молекулы, осуществляющие жизненно важные реакции. Однако ферментами могут быть не только белки, но и цепочки РНК. Напомним, РНК — это нуклеиновая кислота, очень похожая на ДНК, но отличается от нее тем, что в ее состав входит сахар рибоза (а не дезоксирибоза), а одно из азотистых оснований — тимин — заменен на урацил. По мнению ученых, РНК появилась раньше ДНК, поскольку она гораздо стабильнее и может осуществлять каталитические реакции без помощи белков. Молекулы РНК, являющиеся ферментами, называются рибозимами. Как правило, рибозимы катализируют расщепление самих себя или других молекул РНК.
Одним из самых хорошо изученных рибозимов является Azo — фермент, который изготавливается учеными из самовырезающихся интронов группы I, содержащихся в ДНК бактерии Azoarcus. Интроны — это участки генов, которые не содержат информации о последовательности белка или нуклеиновой кислоты, и вырезаются во время созревания информационной РНК (иРНК). Все интроны группы I катализируют свое собственное вырезание из последовательности РНК. Интересующий ученых интрон-рибозим Azo находится в гене, который кодирует транспортную РНК (тРНК), несущую аминокислоту изолейцин. Внутри клетки Azo, как и другие рибозимы, осуществляет свое собственное вырезание из тРНК, однако в лабораторных условиях он смог научиться осуществлять обратный сплайсинг: рибозим разрезает в определенном месте субстрат — короткую молекулу РНК с определенной последовательностью нуклеотидов, кусочки которого остаются прикрепленными к Azo.
Azo состоит примерно из 200 нуклеотидов и может распадаться на два, три или четыре фрагмента, которые спонтанно собираются вместе при температуре 42 градуса Цельсия в присутствии раствора MgCl2. Процесс самосборки начинается со взаимодействия между двумя тройками нуклеотидов (триплетами), принадлежащими разным фрагментам РНК. Когда между триплетами образуются водородные связи по принципу комплементарности, части рибозима меняют свою пространственную структуру и воссоединяются друг с другом. Ученые сфокусировались на реакции самосборки двух фрагментов, которые условно назвали WXY и Z, где W, X, Y и Z представляют собой отдельный участки рибозима длиной примерно в 50 нуклеотидов (Рис.1). На участке W, на переднем конце молекулы РНК, располагается один из триплетов, который участвует в инициации самосборки и называется «внутренней гидирующей последовательностью» (internal guide sequence — IGS). На конце WXY находится триплет tag, который, взаимодействуя с IGS, образует прочную ковалентную связь с фрагментом Z.
Исследователи создали различные варианты (генотипы) фрагментов WXY, меняя нуклеотиды, находящиеся в серединке триплетов IGS и tag (нуклеотиды M и N соответственно). Так как молекулы РНК обычно образованы всего четырьмя типами нуклеотидов, таких вариантов оказалось 16. Например, одним из генотипов может быть 5'-GGG-WXY-CAU-3', а другим 5'-GСG-WXY-CUU-3'. Все эти варианты молекул могут конкурировать друг с другом, формируя различные метаболические сети, в которых общий ресурс — молекула Z — требуется для восстановления целого рибозима.
В своих экспериментах ученые сначала проверили способность каждого генотипа к самосборке в отдельности. Когда M и N формируют пары Уотсона-Крика (то есть по принципу комплементарности, А — U, C — G), скорость самосборки рибозима становится выше, чем для других типов пар. Затем исследователи смоделировали условия теплого «маленького пруда», в котором различные пребиотические молекулы, взаимодействуя между собой, приобретают выгоды друг от друга и ускоряют процессы самоорганизации. Биохимики проследили за поведением генотипов в паре друг с другом, всего ученые изучили 120 пар, состоящих из двух непохожих вариантов WXY. Они измерили скорость каждой реакции, проходившей между молекулами двух генотипов WXY и фрагментами Z внутри отдельных пробирок в течение 30 минут.
Совместив результаты обоих этапов эксперимента и получив скорости самосборки при взаимодействии двух различных генотипов, исследователи поставили эволюционный эксперимент. Пары генотипов были смешаны в одинаковой пропорции, снабжены Z-фрагментами и реагировали друг с другом в течение пяти минут. В течение этого времени ученые отбирали 10 процентов раствора в новую пробирку, в которой присутствовало большее количество непрореагировавших WXY каждого генотипа и Z-фрагменты. Ученые отслеживали соотношения каждого WXYZ-генотипа в течение восьми таких переносов. Это позволило оценить химический эквивалент эволюционной успешности рибозимов в течение поколений, которая наблюдалась как «взрыв» — то есть сильное увеличение скорости самосборки РНК. В эволюционном эксперименте биологи изучали взаимодействие семи пар рибозимов.
На основе всех лабораторных экспериментов ученые вывели математическую модель дифференциальных уравнений, учитывающих скорость самосборки генотипов в присутствие других генотипов или без них. Эта модель стала основой для новой эволюционной теории игр, где определяются несколько поведений молекул РНК. В одном случае, называемом «Доминирование», один из генотипов всегда встречается чаще, чем другой, при том что его скорость самосборки всегда превышает скорость конкурента. В другом случае — «Кооперация» — оба генотипа, что взаимодействуют друг с другом, получают от «сотрудничества» выгоду, и скорость их самосборки превышает ту, что была бы у них в отдельности друг от друга. «Эгоистичный сценарий» — прямая противоположность «Кооперации» — означает, что каждый рибозим в отдельности получает больше, чем при взаимодействии с кем-то еще. И, наконец, в «Контрдоминировании» генотип с низкой скоростью самосборки неожиданно начинает встречаться чаще, чем его конкурент.
Это исследование не направлено на прямое доказательство гипотезы РНК-мира, однако оно представляет собой еще один элемент в мозаике научных представлений о пребиотической эволюции. Впервые показано, что энзиматические свойства отдельных молекул могут улучшаться в присутствии других молекул, которые отличаются всего лишь одним-двумя нуклеотидами. В гигантском растворе, которым были земные океаны на заре существования жизни, эти молекулы конкурировали друг с другом за субстраты, сотрудничали и усиливали свое действие. На основе этого уже можно предполагать, почему сложные органические соединения стремились объединяться в системы, представляющие собой прообразы первых клеток.
Александр Еникеев
Комментирование разрешено только первые 24 часа.
1 +1−0 | Simeon E | 11:38:34 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Теорию Дарвина опровергать нет смысла - она уже давно опровергнута (лет сто уж скоро будет, наверное). |
1 +1−0 | Simeon E | 11:33:41 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
> сэмулировали > мозг крысы И квантовый компьютер, угу. Симулировать вам никто не запретит. Вопрос в том, насколько результаты симуляции адекватны реальному миру. |
1 +1−0 | Simeon E | 11:31:37 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Ну я вот религиозный. И даже немножко программист. Думаю, Емеля немного неточно выразился. Генетические алгоритмы, разумеется, существуют, но вот к биологической эволюции они имеют отношение не большее, чем компьютерная мышь - к живой. |
1 +2−1 | Александр Аристов | 10:42:34 19/04/2016 |
А заголовок - эталон "желтушной" прессы. |
1 +1−0 | Александр Аристов | 10:38:31 19/04/2016 |
Не пишите больше. Это не научный журнал. Поучитесь у Аветисова. |
1 +2−1 | Holy Spirit | 09:58:00 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Я признаю только несколько постулатов, пара из которых: 1. Бог не существует. 2. Мы не одни во Вселенной. |
1 +1−0 | Гена Котович | 09:41:47 19/04/2016 |
выфсёврёти...бох создал! а кто не верит-тому скрепы в одно место и провернуть до характерного щелчка)) |
1 +1−0 | Алексей Калиничев | 09:28:10 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Товарищ Сверчков сам себя считает создателем. Ведь он пишет программы, которые дают ему реальность нереального мира... |
1 +1−0 | Алексей Калиничев | 09:25:24 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Мы орудие в руках Бога... |
1 +2−1 | Hatebreeder | 09:21:31 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Да, бог ещё не ограничивает убийства детей и прочие плюшки. Да сатана просто отличный мужик по сравнению с этим садистом, ёма. |
1 +1−0 | Алексей Калиничев | 09:14:06 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Все люди во что-то верят, одни - в то что Бог есть, другие - в то, что его нет. Доказать одно или другое - невозможно, все будет всегда восприниматься только на веру. |
1 +1−0 | Алексей Журавлев | 09:08:17 19/04/2016 |
Отсутствие бога доказать невозможно. Как и отсутствие фей и лепреконов. |
1 +1−0 | Вадим Ашдодский | 08:53:19 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Молекулы не меняются в процессе сборки кристаллической решётки, они лишь выстраиваются в определённую пространственную структуру. |
1 +1−0 | Pavel Popov | 07:25:23 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
в любом случае, как мне кажется, у ИИ должен быть некий носитель, решительно отличающийся от несовершенных биологических органических форм. А носителями "мемов" пока что являемся именно мы - без нас, как носителей и способных эти идеи оценить - они не эволюционируют. |
1 +1−0 | Т Ш | 06:54:38 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Может присел первый нах? |
1 +1−0 | Олег Сон | 05:36:44 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
"где был ты, когда Я полагал основания земли? Скажи, если знаешь. Кто положил меру ей, если знаешь? .... Кто вложил мудрость в сердце, или кто дал смысл разуму? Кто может расчислить облака своею мудростью и удержать сосуды неба, когда пыль обращается в грязь и глыбы слипаются?" (Иов 38:4-5,36-38) |
1 +1−0 | Руслан Сверчков | 05:33:32 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
а знаете что ещё смешнее - если ученые таки создадут жизнь в пробирке, вы всё равно скажете что это бог двигал их руками) то есть гипотеза объясняет абсолютно любое развитие событий а следовательно её в принципе никак нельзя опровергнуть, очень удобно для споров - очень бесполезно для создания материальных благ) |
1 +1−0 | Руслан Сверчков | 05:28:33 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
не так давно на том же основании считалось что глупо плыть на край земли потому что свалишься) |
1 +1−0 | Руслан Сверчков | 05:27:50 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
то есть если её где то найдут то это опровергнет гипотезу?) конечно нет, тогда вы просто скажете "ну, на всё воля божья", вот об этом уникальном качестве гипотезы я и говорил) |
1 +1−0 | Руслан Сверчков | 05:20:51 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Вообще никакой связи с моей логикой) Как я уже и сказал я не отрицаю создателя - это нелепо хотя бы потому что доказывать надо наличие чего-либо а не отсутствие, мой аргумент в том что гипотеза создателя ничего нам не дает, она прекрасно всё объясняет но это объяснение из серии "на всё воля божья" или "значит пришло его время", оно completely useless, по крайней мере с моей точки зрения, может я чего то не понимаю конечно) |