Всё просто объясняется: банкомат - система с повышенной защитой и отказоустойчивостью, виндоус предлагает готовое решение для этого - winXP embedded. Готового решения на линуксовом ядре для встроенных систем вам никто не предложит. Использовать Enterprise серверные решения, напримео, RedHat накладно, так как для него поддержка сильно дорогая и не нужно столько функционала в банкомате. Использовать что-то собранное кем-то без гарантий - небезопасно. Поэтому нужно собирать самому, а для этого нужен квалифицированный персонал. Вот поэтому дороже :)
А так-то да, очень много встроенных систем работают на линуксе, практически на голом, урезанном ядре с парой программ. Но у них требования к безопасности ниже. | 
