Сообщение №1384530039850385

Это ошибка для одного прочтения, для сборки генома и фрагметнов требуется многократное прочтение одного и того же места. Так для предварительной сборки считается достаточным пятикратное прочтение, а для нормальной не менее 20. При этом может потребоваться дополнительное изучение спорных фрагментов.
В общем не разводите панику, все под контролем.