Все очень просто. "Алма-Ата" - это по-русски, а "Алматы" - по-казахски. В каждом языке по-своему. Так же как и "Москва" - по-русски, "Маскеу" - по-казахски.
Радетели советского названия Алма-Ата часто приводят параллели с Москвой-Маскеу, что в корне неверно.
Маскеу - это действительно казахский вариант, казахская транслитерация русской Москвы. Т.е. то же самое название (Москва), но на другом языке (Маскеу).
Москва и Маскеу - это по сути одно и то же названиe, но на разных языках.
Так же как и Пари - Париж, Рома - Рим, Тошкент - Ташкент, Кiив - Киев, Ашгабат - Ашхабад, Бакы - Баку, Шупашкар - Чебоксары и т.д.
НО в случае Алматы/Алма-Ата такие аналогии не уместны.
Алма-Ата - это не русская транслитерация, не "русское" название Алматы, а абсолютно другое, отдельное, независимое от Алматы слово.
Алматы с казахского переводится как "Яблоневый", в то время как Алма-Ата - это набор опять таки казахских слов "Яблоко-Дед".
Алма-Ата - как и Алматы, тоже казахское название, только неправильное, данное по ошибке.
Алма-Ату с Алматы кроме общего слова "алма" ничего не связывает, это разные названия (как, например, КАРАтау и КАРАсу, АкТОБЕ и КокТОБЕ - несмотря на какие-то общие слова названия абсолютно разные).
Поэтому одно "русским вариантом" другого быть не может.
Если Москва и Маскеу - это одно и то же названиe, но на разных языках, то Алматы и Алма-Ата - это разные названия, но на одном языке.
Тогда откуда взялось название Алма-Ата?
Алма-Ата - это искусственное название, придуманное буквально за полчаса русскоязычными партработниками из Ташкента на собрании Президиума ЦИК Туркестанской АССР в тогдашнем Верном (ныне - Алматы) 5 февраля 1921 года. | 
