С-400 давно работает в комплексе с пассивными системами РТР, которые дают ей целеуказание даже без включения собственных обзорных и стрельбовых РЛС, которые могут включаться только в последний момент при запуске некоторых типов ракет для радиокоррекции на конечном участке траектории... А так они летят по "иннерциалке" до точки предполагаемой точки встречи с целью, где уже происходит либо подсвет цели, либо включается собственная ГСН ракеты...
Если же цель летит с выключенными транспондерами, то её можно только классифицировать по ЭПР цели и параметрам полёта. Если же разведчик из класса переделанного пассажирского "Боинга" летит в режиме радиомолчания и на гражданском эшелоне, то его идентификация может быть только визуальной... Но российское ПВО его как-то выделила из гражданских целей ("боингов"), как бы он не пытался прятаться в гражданском эшелоне... | 
