Читаем в википедии: 1. Аккаунты пользователей привязываются к телефонным номерам. 2. ... при передаче сообщений протокола в сеть они шифруются AES с ключом, известным клиенту и СЕРВЕРУ(!!!)
С таким же успехом на открытках можно писать секретные сообщения(:cry:)(:joy:)
Это для обычных сообщений. А есть ещё «секретные чаты», где расшифровать сообщение может только получатель. C end to end шифрованием AES-256.