Очень просто, за счет коррупции, и перераспределения налогов, собранных в регионах, в пользу Москвы и Питера. Да и крупные компании, скорее всего, платят налоги в Москве и Питере, а не там, где добывают нефть и газ.
Интересно только, причем здесь Питер? Ну вроде только Газпромнефть здесь зарегена, и все.