Уже много десятилетий биологи, химики и даже математики работают над проблемой зарождения жизни. И хотя уже существуют научно обоснованные и подкрепленные гипотезы химической эволюции до появления первой клетки, работы в этом направлении продолжаются. «Лента.ру» рассказывает о новом исследовании, посвященном проблеме РНК-мира, результаты которого опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Ученые из Портлендского государственного университета, проводя эксперименты над рибозимами, выяснили, что способность этих молекул катализировать собственную сборку зависит от их взаимодействия с другими подобными молекулами. Исследование косвенно подкрепляет гипотезу РНК-мира, которая гласит, что первой органической молекулой, ставшей основой для первых клеток, была РНК. Эти молекулы РНК были способны самосинтезироваться, конкурировать друг с другом и участвовать в пребиотической эволюции, когда наиболее успешные соединения становились базой для более сложных химических комплексов.
Многим известно, что в живых клетках имеются свои специальные катализаторы: ферменты, представляющие собой сложно свернутые белковые молекулы, осуществляющие жизненно важные реакции. Однако ферментами могут быть не только белки, но и цепочки РНК. Напомним, РНК — это нуклеиновая кислота, очень похожая на ДНК, но отличается от нее тем, что в ее состав входит сахар рибоза (а не дезоксирибоза), а одно из азотистых оснований — тимин — заменен на урацил. По мнению ученых, РНК появилась раньше ДНК, поскольку она гораздо стабильнее и может осуществлять каталитические реакции без помощи белков. Молекулы РНК, являющиеся ферментами, называются рибозимами. Как правило, рибозимы катализируют расщепление самих себя или других молекул РНК.
Одним из самых хорошо изученных рибозимов является Azo — фермент, который изготавливается учеными из самовырезающихся интронов группы I, содержащихся в ДНК бактерии Azoarcus. Интроны — это участки генов, которые не содержат информации о последовательности белка или нуклеиновой кислоты, и вырезаются во время созревания информационной РНК (иРНК). Все интроны группы I катализируют свое собственное вырезание из последовательности РНК. Интересующий ученых интрон-рибозим Azo находится в гене, который кодирует транспортную РНК (тРНК), несущую аминокислоту изолейцин. Внутри клетки Azo, как и другие рибозимы, осуществляет свое собственное вырезание из тРНК, однако в лабораторных условиях он смог научиться осуществлять обратный сплайсинг: рибозим разрезает в определенном месте субстрат — короткую молекулу РНК с определенной последовательностью нуклеотидов, кусочки которого остаются прикрепленными к Azo.
Azo состоит примерно из 200 нуклеотидов и может распадаться на два, три или четыре фрагмента, которые спонтанно собираются вместе при температуре 42 градуса Цельсия в присутствии раствора MgCl2. Процесс самосборки начинается со взаимодействия между двумя тройками нуклеотидов (триплетами), принадлежащими разным фрагментам РНК. Когда между триплетами образуются водородные связи по принципу комплементарности, части рибозима меняют свою пространственную структуру и воссоединяются друг с другом. Ученые сфокусировались на реакции самосборки двух фрагментов, которые условно назвали WXY и Z, где W, X, Y и Z представляют собой отдельный участки рибозима длиной примерно в 50 нуклеотидов (Рис.1). На участке W, на переднем конце молекулы РНК, располагается один из триплетов, который участвует в инициации самосборки и называется «внутренней гидирующей последовательностью» (internal guide sequence — IGS). На конце WXY находится триплет tag, который, взаимодействуя с IGS, образует прочную ковалентную связь с фрагментом Z.
Исследователи создали различные варианты (генотипы) фрагментов WXY, меняя нуклеотиды, находящиеся в серединке триплетов IGS и tag (нуклеотиды M и N соответственно). Так как молекулы РНК обычно образованы всего четырьмя типами нуклеотидов, таких вариантов оказалось 16. Например, одним из генотипов может быть 5'-GGG-WXY-CAU-3', а другим 5'-GСG-WXY-CUU-3'. Все эти варианты молекул могут конкурировать друг с другом, формируя различные метаболические сети, в которых общий ресурс — молекула Z — требуется для восстановления целого рибозима.
В своих экспериментах ученые сначала проверили способность каждого генотипа к самосборке в отдельности. Когда M и N формируют пары Уотсона-Крика (то есть по принципу комплементарности, А — U, C — G), скорость самосборки рибозима становится выше, чем для других типов пар. Затем исследователи смоделировали условия теплого «маленького пруда», в котором различные пребиотические молекулы, взаимодействуя между собой, приобретают выгоды друг от друга и ускоряют процессы самоорганизации. Биохимики проследили за поведением генотипов в паре друг с другом, всего ученые изучили 120 пар, состоящих из двух непохожих вариантов WXY. Они измерили скорость каждой реакции, проходившей между молекулами двух генотипов WXY и фрагментами Z внутри отдельных пробирок в течение 30 минут.
Совместив результаты обоих этапов эксперимента и получив скорости самосборки при взаимодействии двух различных генотипов, исследователи поставили эволюционный эксперимент. Пары генотипов были смешаны в одинаковой пропорции, снабжены Z-фрагментами и реагировали друг с другом в течение пяти минут. В течение этого времени ученые отбирали 10 процентов раствора в новую пробирку, в которой присутствовало большее количество непрореагировавших WXY каждого генотипа и Z-фрагменты. Ученые отслеживали соотношения каждого WXYZ-генотипа в течение восьми таких переносов. Это позволило оценить химический эквивалент эволюционной успешности рибозимов в течение поколений, которая наблюдалась как «взрыв» — то есть сильное увеличение скорости самосборки РНК. В эволюционном эксперименте биологи изучали взаимодействие семи пар рибозимов.
На основе всех лабораторных экспериментов ученые вывели математическую модель дифференциальных уравнений, учитывающих скорость самосборки генотипов в присутствие других генотипов или без них. Эта модель стала основой для новой эволюционной теории игр, где определяются несколько поведений молекул РНК. В одном случае, называемом «Доминирование», один из генотипов всегда встречается чаще, чем другой, при том что его скорость самосборки всегда превышает скорость конкурента. В другом случае — «Кооперация» — оба генотипа, что взаимодействуют друг с другом, получают от «сотрудничества» выгоду, и скорость их самосборки превышает ту, что была бы у них в отдельности друг от друга. «Эгоистичный сценарий» — прямая противоположность «Кооперации» — означает, что каждый рибозим в отдельности получает больше, чем при взаимодействии с кем-то еще. И, наконец, в «Контрдоминировании» генотип с низкой скоростью самосборки неожиданно начинает встречаться чаще, чем его конкурент.
Это исследование не направлено на прямое доказательство гипотезы РНК-мира, однако оно представляет собой еще один элемент в мозаике научных представлений о пребиотической эволюции. Впервые показано, что энзиматические свойства отдельных молекул могут улучшаться в присутствии других молекул, которые отличаются всего лишь одним-двумя нуклеотидами. В гигантском растворе, которым были земные океаны на заре существования жизни, эти молекулы конкурировали друг с другом за субстраты, сотрудничали и усиливали свое действие. На основе этого уже можно предполагать, почему сложные органические соединения стремились объединяться в системы, представляющие собой прообразы первых клеток.
Александр Еникеев
Комментирование разрешено только первые 24 часа.
3 +4−1 | Yemelya Kolovrat | 03:07:31 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
> человек с хорошим образованием, который по идее должен понимать, как работает его моск... :D Юноша Вы уже веселите. Вы хотите сказать, что Вы понимаете как работает ваш мозг? Или что хоть кто-то на этой планете понимает? ;) Если да - то не занимайтесь х-ней, а бегите за нобелевкой :) |
3 +3−0 | M S | 02:42:49 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Это он просто чихнул.. и, как культурное существо, чихнул - куда? - правильно: в угол. Чтобы сопли не по столу. ..а там, глядишь, и протоплазма.. рибосомы....Azo... А теперь вот - и хохлы... |
3 +4−1 | Злоцараптор | 02:08:30 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
как то так ) причем сказано, что бог людей по своему образу и подобию создавал ? А ещё есть байка про ковчег...я всегда говорю вот взглятине на дом напротив по объёму этот дом даже больше чем ковчег, как думаете можно ли там уместить все виды существ ? + еду для них на год ? |
3 +3−0 | Victor Zeleniy | 01:42:13 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Это рибозИмы. Не путайте с рибосомами. |
2 +2−0 | Александр Соловьёв | 13:53:31 19/04/2016 |
сначала были древние укры, из них появился Укро-мир |
2 +2−0 | Ivan Ivanov | 13:36:47 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
отсутствие существования Бога - естественно, и без экспериментального доказательства РНК-мира. |
2 +2−0 | Pavel Popov | 12:15:52 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
это тот самый въевшийся примитивизм наших далеких предков, которые описывали божественным электрические силы природы, например. Сейчас отдельный человек тоже не способен воспринять все достижения науки - попробуйте объять все разделы фундаментальной физики. А, в некоторых случаях, я замечал есть еще и отскок - сознательное упрощение окружения, взывание к некоей высшей сущности, будто прятаться за юбкой матери у детей... это все психологическое нежелание принятия сути вещей |
2 +2−0 | Pavel Popov | 12:12:26 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
у человека в процессе эволюции сформировался сложный антураж в виде воли и морали, который заставляет его думать, что он чем-то отличается от табуретки или во Вселеннной чем-то важнее небесного тела. На самом деле, все эти моменты изучает социология и смежные науки, а в плане биомассы и значимости для экосистемы Земли мы да - не особо важнее табуретки :) |
2 +2−0 | Mr Semiramid | 12:01:10 19/04/2016 |
Наполеон: Вы написали такую огромную книгу о системе мира и ни разу не упомянули о его Творце! Лагранж: Сир, я не нуждался в этой гипотезе. ? Этому диалогу уже более 200 лет, а до сих пор люди пытаются втискивать "гипотезу бога" в места, где ей совершенно нет места - всё сходится и без неё .... ? |
2 +3−1 | Илья Ковров | 11:58:27 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Я сказал, что вера в отсутствие Бога МОЖЕТ привести к сатанизму (агрессивному его отрицанию). Я сказал, что любой из путей зависит от вашей собственной воли (индивидуальной воли каждого) лишь для того, чтобы установить этот факт как основу взаимного общения, а не чтобы навязать вам свое мнение. Что же до остального, то вы занимаетесь не более чем поливанием грязью окружающих (возвеличиванием себя любимого, к тому же отягощенным отрицанием воли каждого - хотя бы для тех 80% бывших атеистов), не особо отягощая себя разбирательством в степени вины каждого. Сами же в своих утверждениях опускаясь до худших из своих противников, а следовательно деятельно с ними сближаясь. Но это, конечно же, ваш собственный путь. |
2 +2−0 | Алексей Калиничев | 09:34:21 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Чувак не понимает просто этого, не напрягайся, чтобы это понять должно пройти время... |
2 +2−0 | Адьес Амигос | 09:33:18 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
так проведен, читай внимательнее :) |
2 +2−0 | Алексей Калиничев | 09:30:41 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Явно паренек до 25, теперь любому дают сказать, а не всегда впечатляет |
2 +2−0 | O K | 09:29:55 19/04/2016 |
Где страдания т.н. верующих? |
2 +2−0 | Clover Man | 08:08:04 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
быстрее бы, надо об этом помолиться ♌ |
2 +2−0 | Egor Quito | 07:32:10 19/04/2016 |
Заголовок: Биологи раскрыли тайну происхождения жизни и отсутствие бога. Выводы статьи: Это исследование не направлено на прямое доказательство гипотезы РНК-мира, однако оно представляет собой еще один элемент в мозаике научных представлений о пребиотической эволюции. почувствуй разницу |
2 +2−0 | Евгений Буря | 07:22:29 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Ну вирусы и тараканы же никуда не делись, хотя и остались на задворках эволюции.) По поводу кремниевых организмов... У того же Докинза проскальзывает другая идея, которая дает неплохое представление о дальнейшем направлении эволюции. И она уже идет. С момента появления сознания. Правильно, речь идет о т.н. "мемах" - единицах культурной информации. Идеи, образы и понятия точно так же адаптируются к среде и конкурируют, используя биологические, печатные, а с недавних пор и электронные носители. Пока биологические совершеннее, так как они могут "изменять" идеи, а не только копировать, но это лишь вопрос времени - ИИ не за горами. |
2 +4−2 | Дмитрий Марасанов | 06:47:13 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
а что искать , когда уже заявлено что это протоукры занесли жизнь на Землю ! ♿ |
2 +3−1 | Pavel Popov | 06:18:59 19/04/2016 | ||||||
| ||||||||
Эту интересную идею впервые увидел у Докинза - последовательности минеральных и органических эволюций. Присмотритесь - все к тому и идет, что вскоре мы создадим кремниевые несовершенные, но самокопирующиеся организмы. Которые нас, впоследствии, либо выживут, либо будут эволюционировать параллельно, но стремительнее, так как свои собственные ошибки и несовершенства будут оценивать и устранять много быстрее, чем мы. |
2 +2−0 | Владимир Переломов | 03:56:57 19/04/2016 |
название заголовка конечно))) |